与HTML5应用不同，原生应用是基于应用运行平台的原生语言。原生应用的挑战在于——每个平台都需要自己的应用，而一些平台需要不同版本的应用来支持该平台上不同的设备。
HTML5与平台无关。只要用户通过支持各语言功能的浏览器访问应用，应用在任何平台都一样运行。此外，管理员只有一个代码库用于维护，一个语言包用于部署HTML5。他们可以在必要时提供漏洞修复和更新，甚至不需要像原生应用那样分发，就可以与用户进行实时测试。
尽管HTML5已经取得了很大的进步，但它不能实现所有原生功能，比如多点触控手势，和与内置设备组件无缝集成，比如GPS。原生应用性能表现更出色，因为它们是机器代码的一部分。HTML5应用如果没有精心设计，加载时间将很漫长。
此外，HTML5应用和任何Web应用面临同样的风险。开发人员必须防范网络攻击，不当的API使用，通过Wi-Fi，蓝牙或文本消息访问设备的恶意代码。
混合移动应用是一个在原生容器内运行的HTML5应用。应用使用设备的浏览器渲染本地托管HTML页面，同时连接到设备拥有和原生应用一样的功能。混合应用可以访问日历和联系人，以及跨平台使用同一个代码库。
事实上，混合应用可以实现原生应用的所有功能，包括支持离线操作和多点触控手势。混合应用甚至可以模拟原生应用的外观和感觉。然而，混合应用仍不能像原生应用一样运行，因为额外的抽象层。
PhoneGap平台的出现，可以实现混合移动应用。使用HTML，CSS和Java开发移动应用，同时跨平台实现混合应用的各类细节。
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