HTML5游戏的控制应当尽量简单。即便HTML5游戏计划的控制方式要求很多很复杂，开发商也应当考虑将其简化。与主机控制器相比，手机和平板电脑的按键和控制选项更少，这意味着HTML5游戏开发商需要进行创新。许多成功HTML5游戏的控制都很简单。比如流行HTML5游戏《翼飞冲天》需要的玩家输入便很简单，点击屏幕可以使下坡加速，在上坡的时候放开即可。
《侠盗猎车手3》在屏幕上设置了许多按键来实现更多功能，虽然主机HTML5游戏的成功为其带来了声望和品牌忠诚度，但手机版本的不当设计成为HTML5游戏获得成功的障碍。HTML5游戏没有主机或PCHTML5游戏中的震动和触觉反馈，所以很难辨别自己是否按到了屏幕上正确的按键。HTML5游戏中角色的移动并非使用虚拟操纵杆，这种设计也存在一定问题。
平板电脑有着更大的实用面积，但依然会出现上述问题。如果用平板电脑来玩《僵尸时代》，操纵杆依然很难使用，触控精确性有一定的问题，因为相比手机来说两个操纵杆相隔更远。用较大屏幕来玩这款HTML5游戏时，俯视的显示方式会影响到用户的周边视觉，这也是个问题。手机的屏幕较小，用户一眼便可以看到屏幕上的所有信息。平板电脑的屏幕较大，他们往往需要将目光移开HTML5游戏中正在发生的动作，查看屏幕边缘的重要HTML5游戏信息。
由于缺乏按动按键或震动等触觉反馈，HTML5游戏必须使用不同的方式来告知用户他们的动作已经被HTML5游戏接受，它们应当在屏幕上提供不显眼却能够传达信息的反馈。比如，《无尽之剑》会高亮玩家按动的屏幕按键，并在屏幕上呈现相关文本。这些信号立马便可以告知玩家攻击或格挡是否成功。同样，当受到伤害时，所受伤害数值也会显示在屏幕上，同时生命值扣除相应数值。
在手机设备上，接到电话会导致HTML5游戏马上退出，所以在HTML5游戏中采用智能中断设置是必要之举。如果用户在接完电话后发现自己刚才的HTML5游戏状态已消失，那么自然不会对HTML5游戏产生良好的印象。将来用户再玩该HTML5游戏的可能性也会减小，因为担心再接到电话导致他们前功尽弃。因为大部分的用户玩HTML5游戏几乎是在前往某地的过程中或者用来打发一小段时间，所以建议开发商在屏幕上设置清楚的暂停键(HTML5游戏邦(微博)注：类似《愤怒的小鸟》的做法)，这样用户便知晓他们可以随时暂停和重新开始HTML5游戏。
